在市场经济不断发展的背景下，工商行政管理机关作为市场监管的重要力量，承担着维护市场秩序、打击违法行为的重要职责。在行政执法过程中，对违法行为所涉及的“违法所得”进行准确认定，是确保处罚公正、合法的重要环节。为此，相关法律法规对违法所得的认定标准和程序进行了明确规定，形成了系统的认定办法。

根据现行的《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》及相关法律法规，违法所得是指当事人通过实施违法行为所直接获取的经济利益，包括但不限于销售收入、利润、其他形式的收益等。该认定办法强调，违法所得的计算应以实际发生的金额为基础，结合具体案情进行综合判断，避免主观臆断或扩大解释。

在具体操作中，工商行政管理机关通常会依据以下原则进行违法所得的认定：

1. 真实性原则：违法所得的认定必须基于真实、合法的证据，不得凭空推测或无据推定。

2. 关联性原则：违法所得应与违法行为之间存在直接的因果关系，不能将无关收入纳入计算范围。

3. 完整性原则：违法所得的计算应涵盖所有因违法行为而获得的经济利益，包括直接收益和间接收益。

4. 合理性原则：在无法准确计算的情况下，应当采用合理的方法进行估算，并说明依据和理由。

此外，相关法律法规还规定了违法所得的处理方式。对于查实的违法所得，工商行政管理机关可以依法予以追缴，必要时可采取没收、罚款等措施。同时，也明确了对当事人提出的异议或申诉的处理程序，保障其合法权益。

需要注意的是，随着法律体系的不断完善，各地工商行政管理机关在执行过程中可能会结合本地实际情况，制定相应的实施细则。因此，在具体案件中，应结合地方性法规和政策进行综合分析和判断。

综上所述，工商行政管理机关在行政处罚案件中对违法所得的认定，是一项专业性较强、程序严谨的工作。只有严格依照法律法规和认定办法开展工作，才能确保执法行为的合法性、公正性和权威性，从而有效维护市场秩序和社会公平正义。